国际脑疾病与治疗杂志
MicroRNA在脑肿瘤中的研究进展
Michela Visani1, Giorgia Acquaviva2蒋禄卡,Marucci3.,莫伊拉Ragazzi4,恩里科Fraceschi* 5阿尔芭·A·布兰德斯5,乔凡尼塔林2安娜莉莎Pession1以及达里奥·德·比亚斯2 *
1意大利博洛尼亚大学药理学与生物技术系
2意大利博洛尼亚大学贝拉里亚医院医学部
3.意大利博洛尼亚大学贝拉里亚医院生物医学和神经运动科学部
4病理部门,IRCCS-Arcispedale Santa Maria Nuova, Reggio Emilia,意大利
5意大利阿齐恩达大学贝拉里亚医院肿瘤内科/ IRCCS神经科学研究所
*通讯作者:Dario de Biase,理学学士,博士,博洛尼亚大学医学系,分子生物学实验室-解剖病理学贝拉里亚医院,意大利博洛尼亚,Altura 3,40139,电话:39-051-622-5752,传真:39-051-622-5759,电子邮件:dario.debiase@unibo.it
脑紊乱治疗, IJBDT-1-002,(第1卷,第1期),综述文章;ISSN: 2469 - 5866
收到:2015年7月30日|接受:2015年8月25日|发表:2015年8月27日,
引用:Visani M, Acquaviva G, Marucci G, Ragazzi M, Fraceschi E,等(2015)MicroRNA在脑肿瘤中的作用。脑紊乱治疗1:02。10.23937 / 2469 - 5866/1510002
版权:©2015 Visani M,等人。这是一篇开放获取的文章,根据创作共用署名许可协议(Creative Commons Attribution License)发布,该协议允许在任何媒体上不受限制地使用、分发和复制,前提是注明原作者和来源。
摘要
MicroRNAs (miRNAs)是一种小的rna,参与调节多种细胞过程,并以多种方式参与细胞信息的沉默。在癌症中,miRNAs可能参与调控与肿瘤发生、肿瘤发展和血管生成有关的重要基因。基于这些原因,miRNA可以考虑致癌mir(具有致癌作用的miRNA)或抑癌mir(具有抑癌作用的miRNA)。MiRNAs可能改变参与细胞周期、调节细胞增殖、凋亡、血管生成、免疫反应、肿瘤侵袭和转移以及癌细胞基因组不稳定性的基因表达。miRNA的表达失调已经在每一种研究的癌症类型中被证实(例如,乳腺癌和卵巢癌,非小细胞肺癌,胰腺癌和脑瘤)。此外,miRNA表达特征可能与明确的临床病理特征、疾病转归和预后相关。本文综述了2006 - 2013年在不同类型脑肿瘤中差异表达的miRNAs的研究进展。
关键字
MicroRNA,胶质母细胞瘤,髓母细胞瘤,脑瘤,综述
简介
MicroRNAs (miRNAs)是一种小型rna,长度约为21个核苷酸(19-23个核苷酸),参与正常发育过程中的增殖、分化和凋亡调控。MiRNAs以多种方式参与细胞自身信息的沉默,如翻译抑制和mRNA裂解(图1)[1-3.].MiRNAs也可以通过微调靶标活性,同时调节多个靶标和解除对靶标的调控以实现快速再激活。miRBase的最新更新(2013年6月,http://www.mirbase.org/),它们被认为调节着超过三分之一的人类基因[4,5].

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图1:mirna的翻译沉默途径
在细胞核中miRNAs序列由RNA聚合酶(主要是RNA聚合酶II)转录:长茎环一级转录本(primirna)进一步在~60-70nt pre-miRNA中被核Drosha RNase III内切酶加工。pre -miRNA通过Exportin-5系统运输到细胞质中:一旦进入细胞质,Dicer RNase III内切酶将miRNA前体加工成成熟的19-23nt miRNA双工链。这些双链包括成熟的miRNA和来自前miRNA (miRNA*)相对臂的互补片段。只有5'端氢键不稳定的链被选择(成熟miRNA),而互补miRNA*被降解。成熟的miRNA被合并到核糖核蛋白复合体中,称为rna诱导沉默复合体(RISC)。miRNPs的主要成分是Argonaute家族的蛋白质:这些蛋白质在结合成熟的miRNA并驱动其对mrna目标的识别中发挥核心作用。
miRNA - risc复合体识别并连接靶mrna的3'-UTR中的miRNA互补区域。根据与mRNA同源性的不同,miRNAs可能有两种作用方式:完全互补导致mRNA裂解,不完全互补抑制mRNA翻译。rna诱导沉默复合体。查看图1
miRNA异常表达已在每种研究的癌症类型中得到证实[6],如乳癌[7]、卵巢癌[8]、非小细胞肺癌[9]或胰腺癌[10].
脑瘤是癌症死亡的十大原因之一,早期和准确的诊断对疾病管理至关重要。脑瘤可分为胶质细胞瘤(如胶质母细胞瘤、星形细胞瘤、少突胶质细胞瘤、室管膜瘤)、胚胎性肿瘤(如成神经管细胞瘤)、脑膜肿瘤(如脑膜瘤)、造血系统肿瘤和鞍区肿瘤[11].1p/19q共缺失分子标记的介绍[12, o6 -甲基鸟嘌呤甲基转移酶(MGMT)甲基化状态[13或异柠檬酸脱氢酶(IDH1或IDH2)突变[14提供了新的治疗或预后工具,但需要其他分子来改善这些肿瘤的管理。由此,我们认识到有必要发现新的分子作为预后、诊断或靶向治疗策略的潜在有用参数,而miRNAs可能是重要的分子生物标志物。
本文就2006年1月至2013年6月间不同类型脑肿瘤中不同miRNAs表达谱的研究进行综述。
入门材料和技术
起始物料
细胞系:细胞系是表达分析中最常用的起始材料之一。这是因为有证据表明,从细胞系中提取RNA可以获得高质量和高数量的核酸。然而,考虑到miRNAs比mRNA更抗降解,对高质量RNA的需求对miRNAs的分析不那么重要。此外,应该考虑到miRNA的表达是高度可变的,在细胞系中获得的结果,特别是从永生化细胞系中获得的结果,可能与在“体外”样本中获得的结果相差甚远。这可能是因为培养的细胞发生了变化,但也可能是因为细胞系不像在体外标本中那样受微环境的影响。已经对脑细胞系中的miRNA表达进行了一些分析[15-20.],然而这些结果应该在体外标本中得到证实,以确定脑肿瘤miRNAs谱(图2)。

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图2:miRNA分析起始材料的可能来源方案和主要可用技术。连续箭头表示该材料最适合该技术。虚线箭头表示该技术不推荐使用该材料,因为该试验需要大量输入miRNA。qRT-PCR:实时定量PCR, ISH:原位杂交。查看图2
“新鲜/冷冻”标本:“新鲜”脑组织用于分析miRNAs作为生物标志物的局限性是收集材料的极具侵入性的过程。事实上,如果一方面非福尔马林固定标本允许获得大量的miRNA,另一方面,考虑到诊断评估的材料需要保存,从手术标本中获得miRNA的可能性是有限的。因此,从福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)标本开始的miRNAs分析可以为研究目的提供更多的材料。由于从新鲜/冷冻标本中获得了大量高质量的材料,一些论文研究了从这类样本开始的miRNAs表达[15,21-56)(图2)。
FFPE样品:从福尔马林固定和石蜡包埋(FFPE)的样品开始,可能对miRNAs表达研究有很大的用处。由于其长度较短,成熟的miRNAs似乎不受福尔马林固定引起的核酸降解的影响[57,这与长链RNA或DNA的情况相反。一些论文报道了FFPE标本在肾脏等不同组织中表达miRNAs的可行性[58)、前列腺癌(59或乳房[60].几项研究分析了FFPE标本与非肿瘤或良性组织的miRNA表达谱,获得了稳健可靠的结果[26,37,61-66].需要考虑的是:利用FFPE样品,肿瘤细胞富集步骤(微观或宏观解剖)是可行的;FFPE样本可以很容易地从解剖病理研究所的档案中检索到,而且,结果显示在FFPE样本和相应的新鲜/冷冻材料中获得的miRNA表达值具有良好的相关性[26,67)(图2)。
miRNA表达分析中需要考虑的另一个重要方面是对照组的选择。在大脑样本中,有不同的标本可以作为miRNAs分析的正常参考,如肿瘤附近的正常区域、商业参考或细胞系。如前所述,对照组的选择是miRNA分析的关键步骤;事实上,仅仅因为选择不同的非肿瘤对照,miRNA表达数据也有可能产生差异[68].
技术
由于成熟的miRNA分子短,GC(鸟嘌呤-胞嘧啶)含量不同,且miRNA家族内单核苷酸差异较大,因此具有高特异性和敏感性的miRNA分析在技术上具有挑战性。基于提取RNA的几种技术(如深度测序、微阵列、定量实时聚合酶链式反应- qRT-PCR)或原位杂交分析(ISH)已使高精度地分析脑病变中的miRNAs成为可能(图2)。
微阵列:微阵列分析是一种高通量分析方法,可以在单个实验中监测数千个miRNAs的表达。在微阵列检测miRNAs时,适当的探针设计是至关重要的。事实上,捕获探针必须对单个转录本具有高度特异性和亲和力。由于miRNA是小分子,探针设计的可能性受到miRNA序列的限制。微阵列技术不应用于定量表述,而应用于确定两种状态(例如肿瘤与非肿瘤)之间表达的相对变化[69].此外,应该考虑到微阵列分析的另一个局限性是,结果需要使用靶向技术进行验证,如qRT-PCR或ISH。有几篇论文对肿瘤大脑标本的miRNA表达进行了全基因组微阵列分析,以检测表达特征并将该特征与肿瘤的特征联系起来[15-18,20.,22,24,27,28,31,34,35,37,39,41,43-45,49,50,55,62,63)(图2)。
下一代测序:下一代测序(NGS)平台可以用于测序sRNAs,包括miRNAs,并允许从一个给定的样本中并行分析数千个序列。此外,NGS可以在不受微阵列探针选择限制的情况下,突出存在于少量拷贝中的两种miRNAs并发现新的miRNAs。NGS的高灵敏度提供了相对于微阵列分析的优势,因为miRNA表达的高可变性使检测低拷贝数表达的miRNA变得复杂。然而,由于每次NGS实验产生数千兆碱基对(Gbp)的序列数据,该技术需要大量的生物信息学挑战来分析和处理序列信息。由于这种方法相对较新,并且在分析输出数据时面临生物信息学的挑战,NGS在脑瘤miRNAs分析中的应用比其他技术要少(图2)[17,19,33,52].
存在:尽管高通量分析(例如微阵列或NGS)是提供miRNA表达概览的有用工具,但这些数据需要通过“miRNA特异性”方法来确认。定量实时逆转录酶聚合酶链反应是一种经常用于评估脑瘤中特定miRNAs的表达和确认广泛技术获得的数据的方法[21,23,25,26,29,30.,32,36-38,40,42,45-47,51-54,56,61,64-66].分析mirna的几种方法仍然基于单靶点分析;然而,高通量qRT-PCR技术可以用来识别miRNA表达水平的差异。例如,引入了TaqMan低密度阵列(TLDA)和锁定核酸(LNA)阵列平台用于miRNA检测(图2)。
原位杂交(ISH):前面描述的技术的一个局限性是,它们是基于提取的miRNA,因此不提供关于样本中存在的细胞类型和特定miRNA的特定表达位点的信息。因此,使用ISH/IHC检测(原位杂交/免疫组化)可以快速和直接评估病变细胞内miRNA表达的变化。原位技术既可作为评估细胞/亚细胞水平胰腺病变中miRNA表达的主要检测手段,也可用于确认qRT-PCR或高通量技术(如miRNA微阵列或实时阵列,见上文)获得的结果(图2)[62,64].
MiRNA在胶质母细胞瘤中的表达
多形性胶质母细胞瘤(GBM)是成人最恶性、最常见的脑肿瘤,约占弥漫性胶质瘤的50% [11,70].它是一种多形性星形细胞肿瘤,表现为细胞分化差,细胞密度高,核异型性明显,有丝分裂活性高。此外,微血管增生和坏死是其特有的特征,与增殖率高、侵入性明显和对常规治疗的耐药性有关[11,70].尽管在手术技术、放疗、化疗和“靶向治疗”方面取得了进展,但这种肿瘤的预后仍然很差[70].在过去的几十年里,已经进行了一些研究,试图确定GBM的一种特定的mirna表达模式,并进一步对一小部分一贯不受调控的mirna的活性和可能参与该肿瘤的下游靶点进行了功能表征[34,44,71-74].
本文选取了24份分析报告,并对其进行了回顾,以强调在GBM样本或GBM细胞系中发现的miRNAs始终未得到调控(表1和表1)补充表).其中,有16项研究发现,与正常组织相比,多种miRNAs在GBM中表达差异[15,24,25,28,31,33,34,37,44,47-50,55,65,66].有三份报告侧重于区分GBM(世界卫生组织-世卫组织- IV级)与间变性星形细胞瘤(AA,世卫组织III级)或低级别胶质瘤(世卫组织II级或I级)的miRNA表达谱[32,40,43];在两项研究中,分析了GBM干细胞与非干细胞的miRNA谱[16,17];另一项研究分析了GBM迁移细胞与非迁移细胞之间的miRNA差异[18];最后,Zhou等人分析了5株GBM细胞系和1株AA细胞系与商用RNA的miRNA表达差异[20.而Nyazi等人分析了GBM短期和长期幸存者中miRNAs的表达[63].不同研究之间的巨大变异性是显著的,这取决于所使用的技术(微阵列,qRT-PCR试验或下一代测序),分析的样本类型或数量,通过获得的表达结果研究的目标miRNAs的数量。
表1:胶质母细胞瘤的MiRNAs谱研究
只有mirna显示出大于或等于两倍的折叠变化,才被考虑。GBM:胶质母细胞瘤,AA:间变性星形细胞瘤,NB:正常大脑,ANB:相邻正常大脑,LGA:低级别星形细胞瘤,LGG:低级别胶质瘤,O:少突胶质细胞瘤,DA:弥漫性星形细胞瘤,NS:未指定,NGS:下一代测序,TGCA:癌症基因组图谱(TCGA)数据集,FFPE:福尔马林固定石蜡包封。粗体部分显示,至少有3项研究显示miRNAs上调或下调。§只有10个上调或下调的miRNAs被报道,__作者认为截止折叠变化≥1.5。查看表1
从这一比较中,只有少数miRNAs(上调的有:miR-21, miR-10b, miR-15b, miR-16, miR-25, miR-92b, miR-93, miR-106b, miR-155, miR-210, miR-17-5p, miR-106a, miR-148a, miR-196b;下调的:miR-132, miR-218, miR-124, miR-128a, miR-323, miR-128, miR-7, miR-181b, miR-221, miR-222, miR-31, miR-138, miR-181c, miR-379)在对新鲜或FFPE组织进行的至少3项研究中具有相同的调控模式(表1-3和补充表).有趣的是,在GBM中被定义为“oncomirs”的miR-221/222作为GBM发病机制中的重要miRNAs被几篇论文深入讨论[25,75-79],或在- [15,25]或下调的[48,49,65,66] (miR-221),或仅下调(miR-222) [49,65,66表1-3和补充表).有趣的是,在所有研究miR-221和miR-222在细胞功能中的作用的研究中,miR-221和miR-222都被发现上调(表2、3)[80-83].这种差异可能是由于几个实验变量,如选择“非肿瘤对照”或起始材料的来源,如Visani和同事之前报道的[84].
表2:mirna在胶质母细胞瘤样本中表达上调。
只考虑了至少3份分析报告中报道的miRNA(更多信息见表1)。在细胞系上进行的研究没有考虑miRNA的分析。*报告每种miRNA相同调控模式的研究数量(见表1)。__在本研究中,作者获得了所选miRNA的下调。NA,功能研究在文献中没有。查看表2
表3:MiRNAs在胶质母细胞瘤样本中下调
只考虑了至少3份分析报告中报道的miRNA(更多信息见表1)。在细胞系上进行的研究没有考虑miRNA的分析。^五项研究聚焦于miR-128a。*报告每种miRNA相同调控模式的研究数量(见表1)。__在这些研究中,观察到所选miRNAs的上调。NA,功能研究在文献中没有表3视图
根据文献资料(表1-3和补充表),很明显,到目前为止,关于GBM的详尽的miRNAs图谱还远远没有得到很好的定义。
许多其他的研究只专注于单个或一小部分miRNAs,以分析它们在GBM组织/细胞系中的功能、遗传调控和表达。功能分析对于实验验证先前研究中发现的未调控miRNAs的可能靶点非常重要,阐明它们在GBM发病中的分子作用,并提供上述假定的预后标志物或治疗靶点的信息[16,20.,24,31,32,34,44,47,71-74,79-81,83,85-96].
GBM中的致癌miRNAs
表1和表2报告了至少3项在新鲜或FFPE组织上进行的研究中发现的MiRNAs持续上调补充表.在GBM中发现的几种miRNAs在表达和功能方面都进行了深入的研究(表2)[20.,24,40,44,52,71,77,80-83,97-112].特别是miR-21和miR-10b在文献中已经得到了深入的研究。在对FFPE或新鲜组织进行的19项分析研究中,有15项发现MiR-21显著下调(表1、表2和表2)补充表).在所有病例中均报道了GBM组织或GBM细胞系的过表达[15,24,25,32-34,37,40,43,44,47,48,50,65,66].一些功能研究调查了miR-21在恶性进展和GBM维持的几个过程中的作用。研究表明,miR-21作为抗凋亡因子阻断关键凋亡相关基因的表达。陈等人。[24]首次报道了miR-21的强制下调导致caspase 3/7激活和相关的凋亡细胞死亡。陈等人。[71和高尔等人。[98]表明在体外和体内过表达miR-21会抑制促凋亡因子PDCD4的表达。MiR-21还分别调控p53和TGFB凋亡通路中的分子,靶向p63 (p53的同源物)、JMY (p53激活物)、TOPORS、TP53BP2和HNRPK以及受体TGFBR2/3 [One hundred.].此外,DAXX(死亡相关蛋白6)在稳定p53和介导TGF-h凋亡两种途径中都起作用,受到miR-21的调控[One hundred.].
miR-21控制的几个mRNA靶点中的一些与肿瘤侵袭性直接相关。例如,Gabriely等人[97]报道了miR-21通过直接控制MMP抑制剂RECK和TIMP3调节MMP和胶质瘤细胞的侵袭性。作者发现,强制抑制miR-21会降低MMP在体外和体内的活性,导致胶质瘤细胞活力和侵袭性降低[97].
此外,miR-21可以通过维持端粒酶活性来控制GBM细胞的生长,端粒酶活性是维持复制肿瘤细胞DNA完整性、建立细胞不朽和存活的基础。如王及其同事所建议[113], miR-21以STAT3-(转录信号转换器和激活因子3)依赖的方式调节人端粒酶逆转录酶hTERT的表达,并保证GBM细胞的生长。
在周等人的一项研究中。20.结果表明,肿瘤抑制因子PTEN可能是miR-21的直接靶点。据报道,抑制miR-21会降低EGFR和Akt的表达,同时通过降低抗凋亡的Bcl-2水平导致细胞凋亡增加。这表明miR-21对细胞生长和凋亡途径的控制可能是由其他靶点与PTEN并行介导的[20.].
在本系列中,7项研究报道了在GBM组织中miR-10b的上调[15,33,34,44,47,48,50](表1、2和补充表).2009年,Sasayama等人根据43个胶质瘤样本(17个GBM、6个AA、10个低级别星形胶质细胞瘤、6个少突胶质细胞瘤和4个室管膜瘤)和6个胶质瘤细胞株获得的数据显示,miR-10b的上调与胶质瘤分级和恶性程度相关[44].此外,他们还发现miR-10b可以抑制转录因子HOXD10的表达[44].研究表明,HOXD10能够调控多个促进侵袭、迁移、细胞外基质重塑和肿瘤进展的基因,包括α3-整合素、β-整合素、MMP-14和两个分子,uPAR(尿激酶受体)和RhoC (Ras同源基因家族成员C),其表达与miR-10b的表达水平相关[44].
加布里埃尔等人[114]在一些胶质瘤细胞系中证明,miR-10b抑制可以阻止细胞周期进程,并在某些情况下导致衰老胶质瘤细胞的积累。MiR-10b作为细胞周期调节剂,间接调节细胞周期蛋白B1和D1的表达水平,而MiR-10b表达的抑制与这两个因子的较低水平显著相关[114].此外,miR-10b抑制与caspase-3和-7激活的增加密切相关,这表明miR-10b在凋亡通路中起直接作用[114].
在同一项研究中,Bim、TFAP2C、p16和p21被验证为miR-10b的直接靶点,确认了其在细胞周期和凋亡控制中的作用。有趣的是,在本研究中,Sasayama等人报道了HOXD10中miR-10b的调控作用。[44尚未得到证实[114].
林等人。[99]报道了miR-10b直接调控几种影响细胞凋亡、细胞侵袭和血管生成的肿瘤抑制基因(FOXO3、CYLD、HOXD10、TP53、PAX6、PTCH1和NOTCH1)的抑制。
GBM中的肿瘤抑制miRNAs
表1和表3报告了至少3项在新鲜或FFPE组织上进行的研究中发现的MiRNAs持续下调补充表.在GBM中发现一致下调的miRNAs中(表3)[31,33,47,72,80-83,101,115-130, miR-128和miR-218已经被深入研究。
在对FFPE或新鲜组织进行的19项miRNA谱分析研究中,有5项发现MiR-218下调。在所有病例中,在GBM中观察到miR-218的下调[28,33,47,48,50](表1、表3和表补充表).
miR-218表达的缺乏会导致GBM细胞侵袭性的增加。事实上,miR-218的下调会导致IKK-β的过表达,IKK-β促进NF-κB/MMP9信号通路的激活[125].此外,致癌转录因子LEF-1调节MMP9和Liu等的表达。[122]证明LEF-1是miR-218的直接靶点,支持了该miRNA的失调与GBM细胞迁移和侵袭直接相关的论点。在另一项功能研究中,夏和同事[129]表明,miR-218在胶质瘤细胞中过表达可诱导细胞凋亡,抑制细胞活力、增殖和致瘤性。ECOP(表皮生长因子受体共扩增和过表达蛋白)是一种属于与凋亡反应相关的NF-κB信号通路的蛋白质,被确定为miR-218的直接靶点[129].
mir - 128 (37,43,48和miR-128a [15,47,50,65,66在19个对FFPE或新鲜组织进行的分析研究中,有8个被报道为下调。miR-128的外源性表达显著降低了体外和体内胶质瘤细胞的增殖。其中一个被验证的miR-128靶点是Bmi1,这是一种通过染色质修饰和干细胞更新调节表观遗传基因沉默的分子[31,131].MiR-128通过控制ARP5(血管生成素相关生长因子蛋白5)的表达促进GBM细胞增殖,ARP5在正常情况下调节细胞再生、增殖和促进新生血管;E2F-3a的表达,E2F-3a是一种在控制细胞周期进程中起关键作用的转录因子[131],也由miR-128控制。据Wutchy等人报道,WEE1酪氨酸激酶磷酸化CDK1,在细胞周期控制中发挥作用,是miR-128的直接靶点。[128].
Papagiannakopoulos及其同事[132]提示miR-128也可以控制靶向EGFR和PDGFRα癌基因的有丝分裂酪氨酸激酶信号通路。最后,Shi等人。133]报道了p70S6K1是miR-128的另一个直接靶点,miR-128参与胶质瘤的血管生成和肿瘤发生。
MiRNA在其他神经胶质肿瘤中的表达
星形细胞瘤中MiRNA的表达
弥漫性星形细胞瘤(WHO II级)的特点是细胞分化程度高,生长缓慢。弥漫性星形细胞瘤固有地倾向于局部复发并自发发展到AA (WHO分级III),最终发展到继发性GBM (WHO分级IV)。从原发性低级别胶质瘤发展到继发性GBM与12种mirna (miR-9、miR-15a、miR-17、miR-19a、miR-20a、miR-21、miR-25、miR-28、miR-130b、miR-140、miR-210)的上调和2种mirna (miR-184和miR-328)的下调有关[134)(表4)。
表4:星形细胞瘤中MiRNAs被解除调控
AA:间变星形细胞瘤,GBM:胶质母细胞瘤,qRT-PCR:定量实时聚合酶链反应,NGS:下一代测序。查看表4
miR-21和miR-221在星形细胞瘤中也被观察到上调[25,43,53],一种弥漫性浸润性恶性星形细胞瘤(WHO分级III),以核异型性、细胞增多和明显的有丝分裂活性为特征。相比之下,miR-106a、miR-124、miR-125和miR-181b在这类肿瘤中被报道下调[25,53].
对于上述报道的一些失调控mirna, miR-181b, miR-106a和miR-21被认为与星形细胞瘤患者的低生存率显著相关。这些数据可能导致假设miR-21、miR-106a或miR-181b可能具有强大的潜力作为星形细胞瘤的新型预后标志物[53].
与正常对照相比,恶性星形细胞瘤患者血清中的mirna分析显示,患者血清中miR-15b*、miR-23a、miR-133a、miR-150*、miR-197、miR-497和miR-548b-5p的浓度显著降低。此外,与星形胶质细胞增生组相比,恶性病例中miR-23a、miR-150*、miR-197和miR-548b-5p的浓度明显降低[52].
考虑到在至少两项研究中发现的miRNAs下调,miR-21在星形细胞瘤中上调,而miR-181b下调。
MiRNA在少突胶质细胞肿瘤中的表达
少突胶质细胞瘤(WHO II级)是弥漫性浸润、分化良好的胶质瘤,由形态类似于少突胶质的肿瘤细胞组成[11)(表5)。
表5:mirna在少突胶质细胞肿瘤中被解除调控
GBM:胶质母细胞瘤,ISH:原位杂交,qRT-PCR:实时聚合酶链反应查看表5
在10个少突胶质细胞瘤和非肿瘤样本之间的比较研究中,发现了几种miRNAs上升(let-7a, let-7f, miR-17, miR-21, miR-155, miR-17, miR-16, miR-26b, miR-374a, let-7d, miR-20a, miR-15b, miR-7b, miR-9)或下调(miR-132, miR-134, miR-7, miR-330-3p, miR-127-3p) [37].此外,在同一项研究中,提出了一组7种标记物(miR-21、miR-128、miR-132、miR-134、miR-155、miR-210和miR-409-5p)来帮助区分GBM和少突胶质细胞肿瘤[37].
Nelson等证实miR-9在少突胶质细胞瘤和胎儿大脑中高表达,但在成人大脑中低表达,提示miR-9的上调可能在少突胶质细胞瘤的发生发展中起重要作用[62].同样的作者观察到,与正常大脑相比,少突胶质细胞瘤中miR-124的水平降低[62].
新诊断的间变性少突胶质瘤与复发肿瘤的比较显示,7种mirna (miR-124、miR-128、miR-139-5p、miR-153、miR- 210、miR-582-5p和miR-96)在复发间变性少突胶质瘤患者中高度升高。特别是,5种miRNAs (miR-124、miR-128、miR-139-5p、miR-210和miR-582-5p)表达量增加超过10倍[35].
相比之下,21种miRNAs (miR-1, miR-1180, miR-133b, miR-135b, miR-1539, miR-193a-5p, miR-196a, miR-196b, miR-200b, miR-21*, miR-221*, miR-224, miR-24-1*, miR-31, miR-31*, miR-32*, miR-34a*, miR-34c-5p, miR-455-5p, miR-503和miR-631)在复发间变性少突胶质细胞瘤患者中的表达量与新诊断肿瘤患者相比大幅(0.01倍)下降[35].
此外,在少突胶质细胞瘤中也发现miR-137下调,正如已经报道的在少星形细胞瘤中[38].在至少两篇论文中,MiR-9是唯一一种在少突胶质细胞瘤中被发现下调(上调)的miRNA [37,62].
OligoAstrocytomas。少星形细胞瘤是一种弥漫性浸润性胶质瘤,由两种不同的肿瘤细胞混合构成,形态类似于少突胶质细胞瘤和弥漫性星形细胞瘤中的肿瘤细胞(WHO II级)[11].
在一项针对16例少星形细胞瘤的研究中,miR-137在绝大多数分析样本中被下调[38].根据转染细胞系的数据,miR-137可能在抑制胶质瘤细胞侵袭中发挥重要作用。miR-137在低星形细胞瘤中的一个假定靶点可能是CSE1L(染色体分离1-Like),这是一种参与癌症进展中肿瘤细胞侵袭和转移的蛋白质[38].
室管膜肿瘤中MiRNA的表达
室管膜瘤(WHO二级)是一种常见的儿童中枢神经系统(CNS)肿瘤,被认为起源于位于大脑心室表面内衬的室管膜细胞[11)(表6)。
表6:室管膜瘤中mirna被解除调控
qRT-PCR:实时定量聚合酶链反应查看表6
Costa和同事分析了34例室管膜瘤样本中365个miRNAs的表达,并与相同患者的正常脑组织进行了比较[26].作者在室管膜瘤样本中鉴定出28种差异表达的miRNAs。具体来说,室管膜瘤标本中23个miRNAs (miR-10a、miR-17-5p、miR-19a、miR-20a、miR-21、miR-32、miR-34a、miR-106b、miR-130a、miR-135a、miR-142-3p、miR-193a、miR-210、miR-301、miR-449b、miR-502、miR-518b、miR-551b、miR-565、miR-591、miR-433和miR-485-5p)被上调,5个miRNAs (miR-139、miR-323、miR-383、miR-433和miR-485-5p)被下调[26].此外,miR-203被认为是室管膜瘤疾病进展管理的生物标志物和复发可能性的预测因子。事实上,虽然miR-432、miR-411、miR-376a、miR-381和miR-487b的高表达与较低的无复发概率相关,但miR-203的低表达与复发趋势相关[26].
MiRNA在成神经管细胞瘤中的表达
髓母细胞瘤(MB, WHO分级IV)是儿童最常见的脑瘤,是一种侵袭性幕下原始神经外胚层肿瘤,起源于小脑祖神经元的异常发育[11,135,136].尽管如此,分子亚组的划分是对患者进行风险分层的有用工具,并为新的治疗方法产生了几个假设[137];进一步的分子表征将允许识别新的靶向疗法,并将提高风险分层的可靠性。为了开发新的治疗方法和识别新的生物标记物,以分类组织学变异或预测患者的总生存期,在过去几年里,许多研究小组研究了这种肿瘤的miRNAs布局[138].在表7中,报道了6项miRNA谱研究:miRNA在MB样本中的表达进行了评估,例如,新鲜肿瘤与非肿瘤样本的比较[29,39,42]或与CD133+神经干细胞(NSCs) [30.]或者像Uziel等人的研究一样,研究了MB的啮齿动物模型[19].在Ferretti等人的研究中[56他们比较了MB与Gli1高表达或正常表达之间的miRNA表达模式,Gli1是一种索尼刺猬(SHH)信号通路的转录因子,在MB中通常高度活跃[56,135].他们获得了31个显著下调的miRNAs,其中大部分在MB-Gli1中下调高,提示SHH通路的失调可能是由于特异性miRNAs的丢失[56)(表7)。
表7:成神经管细胞瘤的MiRNAs谱研究
MB:成神经管细胞瘤,NB:正常脑,ANB:邻近正常脑,NSC:神经干细胞,GNP:颗粒神经元祖细胞,NS:未指定,NGS:下一代测序,qRT-PCR:定量实时聚合酶链反应。只有显示出大于或等于两倍变化的mirna才被考虑。查看表7
根据至少三项研究中发现的miRNA持续下调,推测MB的miRNA谱可能如下:miR-17, miR-21, miR-106b, miR-199b和miR-214在MB中上调;miR-9、miR-29c、miR-30b、miR-103、miR-124a、miR-128a、mir-129、miR-132、let-7a、let-7e、let-7f在MB内下调。
MiRNA对MB中Hedgehog信号的调控
SHH信号通路是颗粒祖细胞(GPCs)的一种主要的有丝分裂调节因子,其解除调控作用与MBs有关[135].图3展示了几个被研究的功能性miRNAs如何在MB中控制这一致癌途径的示意图。在MB发病机制中的特征miRNAs中,miR-17-92簇(也称为Oncomir-1)的过表达已被深入研究。在Oncomir-1簇中,miR-17、miR-19a、miR-20和miR-92的致癌表达诱导SHH通路升高,导致MB发展中的致瘤效应,其中c-Myc激活[19,42,135].诺斯科特等人。[42]显示了13q31.3位点扩增,其中miR-17/92簇映射。与正常人类小脑相比,在MB中证实了该集群及其相关的副同源物(miR-106a/363和miR-106b/25)的过表达[42].特别是,这种过表达与激活的SHH信号和升高的c-Myc和n-Myc表达水平有关,这支持了miRNA簇上调以sh介导的方式促进MB生长的假设[42].具体而言,研究表明Myc和n-Myc通过结合初级miR-17/92簇的启动子来调控miR-17/92 [42,139].乌泽尔及其同事[19]得到了类似的结果,分析了MB啮齿动物模型(Ink4c-/-;Ptch + / -;Ink4c - / -;p53-/-基因型)与成熟啮齿动物小脑和发育中的小脑(P6 GPCs)相比:在他们获得过表达的26个miRNAs中,9个属于miR-17-92簇。此外,作者证明,与正常对照小脑相比,该集群中的三种miRNAs miR-19a、miR-92和miR-20在人类shh活性MBs中显著过表达[19].
Ferretti等人[56]在SHH激活的肿瘤(MB-Gli1High)中发现了一个特定的特征:miR-125b、miR-326和miR-324-5p被下调,这三种miRNAs的强制过表达抑制了SHH信号通路(图3)。特别是,miR-324-5p同时靶向Smo(跨膜蛋白Smoothened,一种SHH通路激活因子)和Gli1(一种下游转录激活因子,作为SHH通路效应因子),并与miR-326合作进一步增强抑制活性[56].这三种miRNAs的解除调控通过刺猬依赖机制参与细胞增殖刺激[56].

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图3:MiRNAs在成神经管细胞瘤中控制索尼刺猬通路
当SHH与其受体PTCH结合时,它会释放对跨膜蛋白Smoothened (Smo)的抑制,Smo能够抑制SUFU对Gli蛋白的抑制,而Gli蛋白可以转移到细胞核。激活Smo诱导的第二个机制是通过上调N-Myc,通过SHH信号发挥增殖作用。如文中所述,在成神经管细胞瘤中,几个miRNAs的失调支持这一致癌通路的激活状态:miR-324-5p, 326, 125b的缺乏导致Smo和Gli因子的过表达。同时,miR-214的上调可以抑制SUFU对Gli蛋白的抑制作用。N-Myc的上调与致癌miR-17/92簇Oncomir-1的解除调控相关。查看图3
最后,两项分析研究发现miR-214在人MB中上调(表7)[29,56],可以调节靶向SUFU(融合抑制因子,一种Hh拮抗剂,抑制Gli1和Gli2进入细胞核)的SHH信号,Flynt等人已经在斑马鱼中证明了这一点[140].
MiRNA在其他脑肿瘤中的表达
造血系统的肿瘤
中枢神经系统淋巴瘤:原发性中枢神经系统淋巴瘤(PCNSL)是一种罕见的结外非霍奇金淋巴瘤亚型,在无全身性疾病的情况下局限于中枢神经系统。在PCNSL患者中,仅根据影像学特征和对皮质类固醇的反应性往往很难做出明确诊断,这两者都不能明确区分淋巴瘤和炎性中枢神经系统疾病[141].PCNSL特异性miRNAs的鉴定可以作为诊断这种肿瘤的新型非侵入性生物标志物提供潜在的有用工具(表8)。
表8:mirna在“其他”脑瘤中被解除调控
弥漫大b细胞淋巴瘤;GBM:胶质母细胞瘤,CNS:中枢神经系统,G:组织学分级,LN:淋巴结,GH:生长激素,PRL:催乳素,qRT-PCR:定量实时聚合酶链式反应,ISH:原位杂交。查看表8
在一项对23例PCNSLs患者的研究中发现MiR-21、miR-19b、miR-92a上调,被认为是PCNSL的标记物[21].这些未被调控的mirna也被评价为14例PCNSL患者血清中的循环mirna。然而,与对照组相比,PCNSL患者血清中miR-21、miR-19b和miR-92的表达水平无显著差异[21].
在Robertus等使用qRT-PCR技术进行的一项研究中,9个CNS弥漫性大b细胞淋巴瘤中MiR-21和miR-19b是最丰富的miRNAs [64].除了miR-21和miR-19b的上调外,作者还观察到miR-16和miR-127的低表达水平[64].
13种mirna (miR-9、miR-20b、miR-155、miR-340、miR-17-5p、miR-148a、miR-30b、miR-27b、miR-26b、miR-146b、miR-20a、miR-30c和let-7g)在原发性中枢神经系统淋巴瘤中的表达明显高于淋巴结弥漫大b细胞淋巴瘤,而5种mirna (miR-199a、miR-214、miR-432、miR-193b和miR-145)在PCNSL中的表达明显低于淋巴结弥漫大b细胞淋巴瘤。在13个上调的miRNAs中,表达最多的是miR-9、miR-20b、miR-155、miR-340、miR-17-5p和miR-148a [61].根据这些数据,特异性miRNAs的下调,导致MYC (V-Myc禽髓细胞瘤病病毒癌基因同源体)通路的激活或B细胞生发中心出口的封锁,可能在PCNSL的发病机制中发挥关键作用[61].
考虑到在至少两篇论文中发现的miRNAs下调,弥漫性大b细胞淋巴瘤的特征是miR-19b和miR-21上调。
脑膜瘤
脑膜瘤:脑膜瘤是常见的-占所有中枢神经系统肿瘤的15% - 20% -成人颅内肿瘤。大多数脑膜瘤是良性的(世卫组织I级),但某些组织亚型与较差的预后相关,并对应于非典型(世卫组织II级)和间变性(世卫组织III级)脑膜瘤[142].
在一系列原发性脑膜瘤组织中与非肿瘤性蛛网膜标本比较,研究了5种不同的miRNAs (let-7a, let-7b, let-7c, let-7d和miR-145) [36].与非肿瘤对照组相比,观察到肿瘤组织中miR-145和let-7d的表达显著下调。此外,与良性脑膜瘤(WHO I级)相比,非典型(WHO II级)和间变性(WHO III级)脑膜瘤中miR-145表达较低[36].转染pre-miR-145的恶性细胞系侵袭性降低,活动度降低(表8)[36].
在一项对14例散发的良性脑膜瘤与蛛网膜组织对照的研究中,在大多数肿瘤样本中发现43种miRNAs的调控缺失。在过表达的miRNAs中,miR-335、miR-98和miR-181a的上调幅度最大(从25倍到30倍)。使用qRT-PCR证实了其他miRNAs (miR-19b, let7d, let7g, miR-100, miR-125a, miR-103, miR-370 miR-106b, miR-106a, miR-125b, let7b, miR-26a, miR-23b和miR-29a)上调(4- 10倍)。三种下调的miRNAs (miR-200a, miR-373*和miR-575)均显著降低[45].
转染细胞中过表达miR-200a对脑膜瘤细胞生长有抑制作用,而下调miR-200a在体外可显著提高脑膜瘤细胞的生长[45].
基于taqman的实时茎环RT-PCR分析了30例人脑膜瘤标本与正常脑蛛网膜组织的比较,发现miR-335表达水平升高,特别是在世卫组织III级标本中[46].此外,研究表明,与对照组相比,miR-335抑制导致了具有统计学意义的细胞增殖抑制水平[46].
通过分析110个脑膜瘤样本中200个miRNA的表达水平与35个正常邻近组织的miRNA表达谱的比较,发现14个是肿瘤样本中差异表达的miRNA。12个miRNAs (miR-17-5p, miR-22-3p, miR-24-3p, miR-26b- 5p, miR-27a-3p, miR-27b-3p, miR-96-5p, miR-146a-5p, miR-155-5p, miR-186-5p, miR-190a和miR-199a)上调,而两个miRNAs (miR-29c-3p和miR-219-5p)显著下调[54].基于它们各自的miRNA表达谱,无监督聚类分析显示脑膜瘤样本与正常相邻组织明显分离。此外,作者观察到,与未复发的患者相比,肿瘤复发患者中miR-96-5p和miR-190a上调。相比之下,与肿瘤复发患者相比,未复发患者中miR-29c-3p和miR-219-5p上调。最后,单因素分析显示,WHO肿瘤分级及miR-190a、miR-29c-3p和miR-219-5p的表达水平与复发显著相关[54].
有趣的是,考虑到所有关于miRNA在脑膜肿瘤中表达的论文,至少有两篇论文中没有发现miRNA持续失调。
鞍区肿瘤
垂体腺瘤:垂体腺瘤至少占颅内肿瘤的10%,在一般人群中患病率为1 / 1000 [143].
在一项将8个垂体腺瘤与4个正常垂体样本进行比较的研究中,3个miRNAs (miR-124*, miR-515-5p和miR-872)仅在腺瘤组织中表达,而5个miRNAs (miR-198, miR-299-5p, miR-497*, miR-548c-3p和miR-622)仅在正常垂体组织中表达。在正常和肿瘤组织中表达的457种miRNAs中,垂体腺瘤中92种miRNAs显著下调,70种miRNAs显著上调[23].5个miRNAs (miR-135a, miR-140-5p, miR-582-3p, miR-582-5p和miR-938)被预测靶向Smad3 (Small mother against decentaplgic 3),所有这些miRNAs在垂体腺瘤样本中均显著过表达。这些数据支持了垂体腺瘤中的TGF信号可能通过Smad3被miRNAs抑制和调节,而Smad3的表达可以被一些上调的miRNAs直接调控,包括实验验证的miR-140(表8)[23].
对12个人类生长激素分泌(GH)垂体腺瘤(GH-腺瘤)进行的微阵列分析显示,18个miRNAs在肿瘤组织中下调,且至少发生2倍的变化。相反,gh腺瘤中只有一种miRNA (miR-320)过表达(变化为13.3倍)[27].qRT-PCR证实了8个miRNAs (miR-34b, miR-326, miR-374b, miR-432, miR-548c-3p, miR-570 miR-603和miR-633)的下调,而miR-320的上调[27].
利用生物信息学工具,三种miRNAs (miR-326、miR-432和miR-570)可能靶向HMGA2(高移动性组AT-Hook 2)基因,而两种miRNAs (miR-34b和miR-548c-3p)同时具有HMGA1(高移动性组AT-Hook 1)和HMGA2基因作为预测靶点。最后,miR-326和miR-603被预测可调控E2F1 (E2F转录因子1)[27].
对32个垂体腺瘤进行miRNA微阵列统计分析,得到了在垂体腺瘤与正常垂体之间差异表达的30个miRNA [22].根据29种mirna的表达谱,可以预测垂体腺瘤的不同组织类型:ACTH-(促肾上腺皮质激素)、GH-、PRL-(泌乳素)分泌腺瘤和无功能腺瘤。与正常垂体样本相比,MiR-26a和miR-149在垂体腺瘤中表达上调,而miR-21、miR-141和miR-144表达下调[22].
在对21个垂体gh腺瘤样本(3个微腺瘤和18个大腺瘤)的分析中,发现23个miRNAs在gh腺瘤中上调,29个下调[41].此外,9种miRNAs在宏观腺瘤和微观腺瘤中表达差异:miR-183、miR-193a-5p、miR-222、miR-516b、miR-524-5p、miR-601、miR-629、miR-99b上调;miR-124、mir-32、miR-574-5p、miR-744和miR-96被发现下调[41].
Trivellin等人。[51]发现9种mirna (miR-509-3-5p, miR-508-5p, miR-452, miR-330-5p, miR-200a, miR-503, miR-424, miR-449a和miR-199-5p)在正常垂体腺中表达,而在垂体腺瘤中不表达。miRNA在不同腺瘤组织类型中表达不同。7个miRNAs (miR-378, miR-516-3p, miR-151-3p, miR-224, miR-618, miR-455-3p和miR-29b)在所有类型的腺瘤中表达,但在正常垂体中不表达。12种miRNAs (miR-217, miR-216a, miR-215, miR-502, miR-338, miR-10b, miR-96, miR-202, miR-501, miR-18a, miR-450a和miR-329)仅在无功能垂体腺瘤中检测到。5种miRNAs (miR-1, miR-760, miR-196b, miR-188-5p和miR-146b-3p)仅在gh腺瘤样本中检测到。三种miRNAs (miR-205, miR-132*和miR-523)仅在PRL-腺瘤组检测到[51].
考虑到在至少两篇论文中发现的miRNAs下调,垂体腺瘤的特征是miR-516上调和miR-548c下调。
结论
本文就上调或下调mirna在脑肿瘤中的表达谱进行了综述。miRNA已经出现在大脑的几个细胞过程中发挥关键作用:它们通过转录后调控基因表达参与癌症的发展和进展,但可靠的脑肿瘤miRNA谱还有待确定。本文报道的数据强调了规范组织来源、分析方法和对照组织选择的重要性。事实上,其中一个因素的改变可能导致所研究miRNAs的表达差异。肿瘤特异性miRNAs及其靶基因的鉴定将提高对脑肿瘤的认识,并为脑肿瘤的诊断和潜在的靶向治疗提供额外的分子生物标志物。此外,现有的数据为体内研究确定miRNA在化疗中的调节作用提供了基础。最后,循环癌症相关的miRNAs可以为早期非侵入性肿瘤诊断提供重要工具。
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